Разогрейте духовку до 425 градусов. Нагрейте масло в большой кастрюле на среднем огне. Добавьте лук и чеснок, приправьте солью и перцем; готовьте, периодически помешивая, до мягкости, около 5 минут. Добавьте тимьян и помидоры. Доведите до кипения, уменьшите огонь и варите, разбивая помидоры ложкой, пока соус не загустеет и не уварится примерно до 5 1/2 стакана, от 20 до 25 минут.
Тем временем отварите равиоли в большой кастрюле с кипящей подсоленной водой, пока они не всплывут наверх (макароны будут продолжать готовиться в духовке). Слейте макароны; вернуться в банк.
Смешайте соус с макаронами. Выложите макароны в большую форму для гратена или форму для запекания размером 9 на 13 дюймов и посыпьте сыром. Выпекайте до золотистого цвета, от 20 до 25 минут. Перед подачей немного охладите.
