Разогрейте духовку до 350 градусов по Фаренгейту. Поместите лук-шалот и чеснок в небольшой пакет из алюминиевой фольги и сбрызните оливковым маслом. Запекайте от 20 до 30 минут или до мягкости. Снять с фольги и нарезать.
В большой сковороде разогрейте отложенный жир от бекона на среднем огне. Добавьте жареный лук-шалот и чеснок и обжаривайте в течение 1 минуты. Добавьте муку и перемешайте в течение 1 минуты. Взбейте густые сливки и тимьян. Уменьшить на треть.
Помешивайте сыр, пока он не расплавится, не станет сливочным и не загустеет. Приправить по вкусу солью и перцем. Снимите с огня и аккуратно вмешайте макароны. Поместите в форму для запекания размером 9 на 13 дюймов.
В небольшой миске смешайте нарезанный кубиками бекон, панировочные сухари, масло и петрушку. Посыпать макароны с сыром смесью панко и запекать, не накрывая крышкой, на том же огне, пока верх не начнет пузыриться и слегка не подрумянится, от 20 до 25минут.